Fondato alla fine del 1584 da P. Nicolò di Gesù Maria (Doria), è la prima fondazione della Riforma maschile fuori della Spagna e ne è stata la base per la diffusione a Roma, in Europa e nelle missioni. Subì la soppressione napoleonica nel 1810, per riprendere a vivere nel 1816.

Dal 1859 al ’73, a causa di una nuova soppressione del convento, restano solo quattro o cinque religiosi per officiare la chiesa. Sono gli anni in cui la comunità con gli studenti deve forzatamente vivere nell’abbazia di Finalpia e poi addirittura in casa di privati. Sede storica dei Provinciali, Sant’Anna da sempre è casa di formazione degli studenti, salvo alcuni periodi.

È stata anche casa di noviziato: dall’origine fino all’apertura del convento di S. Maria della Sanità nel 1613; poi per circa quindici anni dal 1816; infine dal 1964 al 1978. Dal 1971 al ’75 è sede della Procura delle Missioni, di cui si occupa P. Giovanni Strina. Negli anni ’80 il convento è stato interamente ristrutturato. Dalla seconda metà del ‘600 è attiva la Farmacia-erboristeria, che continuò a lavorare anche in periodi difficili. L’archivio, come da Costituzioni, custodisce una copia degli atti dei Capitoli generali. Infine si conservano una lettera autografa della Santa Madre Teresa e il velo da calice da lei ricamato per il primo convento fuori di Spagna. Attualmente fanno riferimento a convento sia una fraternità dell’OCDS, sia una Comunità Laica Carmelitana.